En 1992 Premio de la Academia españolas de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales.
En 1996 Premio Rey Jaime I de Investigación.
En 2002 Premio Nacional de Investigacion Santiago Ramon y Cajal por la caracterización funcional de genes reguladores en el desarrollo embrionario.
En 2003 Medalla de Oro de Andalucia.
En 2004 Premio México de Ciencia y Tecnología.
En 2007 fue galardonado con el Premio Príncipe de Asturias de Investigación Científica y Técnica junto al biólogo Peter Lawrence. En 2007 fue investido Doctor Honoris Causa de la Universidad de Alcalá (aprobado por el claustro el 30 de mayo de 2007) por «la gran trascendencia de las investigaciones desarrolladas por su grupo en el ámbito de la Genética y Biología Molecular del desarrollo y sus contribuciones al conocimiento de nuevos mecanismos de señalización celular».
En 2008 fue investido Doctor Honoris Causa de la Universidad de Almería (aprobado por el claustro el 20 de septiembre de 2007), como una distinción propia en reconocimiento del valor y trascendencia de méritos científicos.
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